Το ποσοστό ανάμιξης των βιοκαυσίμων στα καύσιμα των μεταφορών καθορίζεται με Διάταγμα του Υπουργού Ενέργειας, Εμπορίου και Βιομηχανίας και σήμερα είναι στο 7,3% σε ενεργειακό περιεχόμενο με βάση το υφιστάμενο διάταγμα ΚΔΠ 11/2020.
Τα βιοκαύσιμα για να λαμβάνονται υπόψη για την επίτευξη των στόχων και να είναι επιλέξιμα για χρηματοδοτική στήριξη, πρέπει να πληρούν τα κριτήρια αειφορίας και μείωσης των εκπομπών που καθορίζονται στο άρθρο 26 του περί Προδιαγραφών, Κριτηρίων Αειφορίας και Μείωσης των Εκπομπών των Καυσίμων Νόμου του 2022 (Ν. 106(I)/2022). Τα κριτήρια αφορούν τη μείωση των εκπομπών αερίων του θερμοκηπίου στον κύκλο ζωής των βιοκαυσίμων και τα εδάφη στα οποία παράχθηκαν οι πρώτες ύλες για παραγωγή βιοκαυσίμων (όχι σε δασώδεις περιοχές, προστατευόμενες περιοχές, υγροβιότοπους, λειμώνες με υψηλή βιοποικιλότητα, κ.α.). Σημειώνεται ότι τα βιοκαύσιμα που παράγονται από απόβλητα και κατάλοιπα πληρούν μόνο το κριτήριο της μείωσης των εκπομπών, και επίσης, το ενεργειακό περιεχόμενο τους προσμετρά διπλά στον στόχο ΑΠΕ στις μεταφορές.
Τα βιοκαύσιμα που χρησιμοποιούνται σήμερα στην Κύπρο είναι κυρίως βιοντίζελ από χρησιμοποιημένα τηγανέλαια, υδρογονοκατεργασμένα φυτικά λάδια (Hydrotreatment Vegetable Oils - HVO) και βιοαιθέρες. H βιοαιθανόλη δεν χρησιμοποιείται στη βενζίνη λόγω της πτητικότητας η οποία σε συνδυασμό με τις υψηλές θερμοκρασίες που επικρατούν στην Κύπρο ενδέχεται να οδηγεί σε μη συμμόρφωση με την προδιαγραφή της τάσης ατμών στη βενζίνη. Για το λόγο αυτό χρησιμοποιούνται βιοαιθέρες (ΕΤΒΕ, ΜΤΒΕ, ΤΑΜΕ) στη βενζίνη αντί βιοαιθανόλης.
